La nova terminal, que també inclou un edifici de gran alçada: la torre Transbay, connectarà nou xarxes de ferrocarrils i autobusos i donarà servei no només a la zona de la badia de San Francisco, sinó a tot l’estat de Califòrnia.
Pelly va guanyar un concurs d'arquitectura per a l'estació a la tardor del 2007, superant a Richard Rogers i SOM a la final. Una característica distintiva de l’opció guanyadora és el parc City-Park amb una superfície de més de 2 hectàrees al terrat de la terminal. A més de l’àrea recreativa verda que necessita la metròpoli, també exerceix el paper d’un “eco-filtre”, que absorbeix els gasos d’escapament dels autobusos, que recull i recicla les aigües pluvials i “grises”, evitant que l’edifici es sobreescalfi per calor..
L’arquitecte posa l’èmfasi en l’expressivitat de les formes del seu edifici: les seves façanes es fan en forma de pila d’arbres de vidre i acer i les corbes ondulades dels sostres semblen pètals de flors. Una nova plaça: Mission Square, coberta amb voltes de vidre, actua com a "porta d'entrada" a la terminal. Al costat es construirà un nou gratacel: la Transbay Tower, que servirà de fita per a l’estació al paisatge de San Francisco.
Les sales d’espera i els davantals del Transbay Transportation Center estaran situats l’un sota l’altre, les línies d’autobús, a la superfície, el ferrocarril, sota terra. La il·luminació natural a totes les zones de la terminal serà proporcionada per "columnes de llum", pous de llum que impregnen tots els nivells del complex.
La construcció de l’estació començarà el 2010 i finalitzarà el 2014.
