El complex museístic és una central elèctrica reconstruïda de principis del segle XX, una estructura de maó amb decoració d’estuc neoclàssic, en la qual s’incrusten les formes cristal·lines característiques de Libeskind. Des de l’exterior llegien com volums d’acer inoxidable blau cúbic i allargat que sobresurten dels pisos de l’edifici. Tenen la forma de dues lletres de l'alfabet hebreu: "barret" i "iod", que junts formen el lema del projecte de Libeskind L'Chaim, que significa "per a la vida". Tot i això, només es poden llegir si mireu l’edifici des de dalt, que no és accessible per al visitant mitjà del museu.
Al vestíbul del museu, la paret oposada a l'entrada està revestida de línies de relleu destacades que formen la paraula "pardes", que significa "Jardí de l'Edèn", i que també simbolitzen els quatre nivells de comprensió de la Torà. Però aquest element del projecte també es percep amb dificultat a causa de les fortes revoltes a l’espai del vestíbul.
Al principal, el primer nivell del complex, també hi ha un auditori (al sostre del qual es representa abstractament un mapa de Terra Santa), un centre educatiu i galeries. A la segona planta hi ha locals administratius, a més d’una sala d’exposicions del mateix nom inscrita en un enorme cub de la lletra "iode", il·luminat a través de 36 finestres poligonals.
El mateix Libeskind subratlla la diferència entre l’edifici de San Francisco i els seus museus jueus del Vell Món: l’edifici californià no té el segell de la catàstrofe de l’Holocaust, que necessàriament és present en els seus projectes europeus. Tot i això, el llenguatge de l’arquitectura de Libeskind s’ha mantingut el mateix: les línies nítides i trencades que abans simbolitzaven la tragèdia històrica haurien de representar ara les “cabines del cel” d’una pròspera diàspora jueva a la costa del Pacífic.
