Els arquitectes David Childs i Daniel Libeskind han estat refinant el "concepte" del gratacel, creat conjuntament el desembre del 2003, durant un any i mig. Quan la versió actualitzada estava gairebé a punt, el Departament de Policia de Nova York va sortir amb una demanda tardana per fer l’edifici més segur, protegint-lo al màxim dels atacs terroristes, en particular contra l’explosió d’una bomba plantada en un cotxe.
Com a resultat, la torre es va allunyar de la calçada 12 metres i la seva base es va convertir en un pedestal monolític amb una alçada de 20 pisos (60 m). En total, l’estructura s’elevarà a 415 m (1.362 peus), igual a l’alçada d’una de les torres bessones i, juntament amb el parapet del sostre, la seva alçada serà de 4.17 m (1.368 peus), la mateixa que la segona estructura. L’alçada total, gràcies a una enorme antena d’agulla, arribarà als 541 m simbòlics: el 1776 els Estats Units van obtenir la independència.
En el procés de reelaboració del projecte, la forma enèrgica i torçada cap amunt de la primera edició va desaparèixer i l’agulla, col·locada a la vora del terrat de la torre, fent ressò de la mà elevada de l’Estàtua de la Llibertat, es va traslladar a un centre estable. El pla s'ha convertit d'un paral·lelogram en un quadrat amb un costat de 60 m, com en els vells gratacels del WTC. L'estructura lleugera a la part superior de la torre de cables i aerogeneradors ha desaparegut completament.
La base cúbica de l'edifici, on només es proporcionen petites ranures de finestres a una alçada de 9 m, allotjarà el vestíbul i les plantes tècniques. L’exterior del bloc estarà amenitzat per xapes de metall gravades.
L'arquitecte paisatgista Peter Walker, per a qui aquest és el segon ordre del nou complex WTC, està cridat a reviure l'espai al voltant: també va crear un projecte d'un monument commemoratiu a les víctimes d'atacs terroristes juntament amb Michael Arad.
A la part superior, el quadrat del pla es convertirà sense problemes en un octàgon i, de nou, en un quadrat. En general, el nou projecte té molt més en comú amb l’antic World Trade Center i, atès el pedestal monolític del gratacel, supera amb escreix els seus predecessors en gravetat i inaccessibilitat. La resposta als terroristes, que l'edifici hauria d'encarnar, ha passat d'un desafiament al món de la llibertat a un desafiament a un imperi poderós.
