El projecte de reurbanització va ser patrocinat pels espanyols Cruz y Ortiz, l'exposició va ser dissenyada per Jean-Michel Wilmotte i la restauració va anar a càrrec de Van Hoogevest Architecten. La tasca dels arquitectes era adaptar l'edifici voluminós al corrent principal de l'eclecticisme, construït el 1885 per Petrus (Pierre) Kuypers, per a les necessitats d'un museu del segle XXI. Els exteriors exuberants distreien l'atenció de les exposicions, no hi havia prou espai tant per a les exposicions com per al programa d'acompanyament, era impossible organitzar l'exposició permanent segons un sistema únic, etc.
Ara, totes les exposicions del segle XII al XX estan ordenades per un estricte ordre cronològic, per pisos de baix a dalt, i la cronologia es recolza en un esquema de colors: la pintura de les parets s’il·lumina a mesura que avança cap amunt, arribant fins a blanc a les sales d’art modern. Al mateix temps, totes les obres es van ordenar d’una manera nova, a excepció de la més important: "Rellotge nocturn" de Rembrandt, que va tornar al seu lloc anterior a la "Galeria d'Honor", on es trobaven les obres del Golden. S’exhibeix l’època de l’art holandès.
Els arquitectes, d’acord amb l’esquema ja establert en la construcció de museus, van bloquejar dos patis de l’edifici amb teulades de vidre i també els van aprofundir fins al nivell de la planta -1, després d’haver eliminat les extensions posteriors que els ocupaven. Després van col·locar un auditori sota un pati i una botiga del museu i una cafeteria sota l’altre. Els mateixos patis s’han convertit en espais públics amplis als quals es pot accedir fins i tot sense comprar una entrada. Les seves parets formen les façanes del pati del museu i les noves superfícies s’enfronten amb pedra clara. Antonio Cruz i Antonio Ortiz van tenir en compte l’error de Norman Foster, al pati del Museu Britànic del qual qualsevol so és clarament audible i fins i tot ressona, de manera que al Rijksmuseum els sorolls es veuen apagats per reixes blanques amb material fonoabsorbent suspès als sostres..
Però el principal problema dels arquitectes era la unió dels dos patis en un tot únic. L’edifici històric té un passadís per a vianants i ciclistes al centre de la façana, que permet un pas ràpid per l’edifici. El projecte de reconstrucció preveia convertir-lo en l’entrada principal del museu, unint els dos patis, però la gent de la ciutat es va rebel·lar i ara es conserva el passadís en la seva forma original, es pot accedir al museu a través de quatre petites entrades i es va col·locar un passatge subterrani. a sota, connectant els patis entre si.
El museu es va tancar per reconstrucció el 2003 i s’inauguraria ja el 2008. El període de treball de deu anys s’explica pel fet que s’havien de fer esforços titànics per construir nivells subterranis al sòl ple d’aigua d’Amsterdam, i no hi havia cap contractista per a un projecte tan complex. Els enginyers d’Arcadis van fer que les noves parts subterrànies de l’edifici fossin estructuralment independents de l’estructura històrica, ja que lentament disminueix. Per tant, el passadís terrestre i la "Galeria d'Honor" situada sobre el passatge subterrani entre els patis ara s'han convertit en un "pont" que hi penja. Les fosses excavades es van omplir immediatament d’aigua, de manera que es van abocar amb formigó especial per a treballs submarins i el procés va ser controlat pels bussejadors.
El pressupost del projecte va ser de 375 milions d’euros, però també inclou la construcció d’un pavelló d’art asiàtic separat, situat al centre de l’estany, l’adequació del parc a un jardí d’escultures pel projecte Copijn Landschapsarchitecten (14.500 m2), la construcció d’un edifici d’entrada de serveis, la reconstrucció de l’escola històrica de dibuix (Teekenschool) com a centre educatiu del museu, així com la construcció d’un edifici de tallers museístics a prop del Rijksmuseum, fusionat amb un altre edifici Kuypers: l’antic Institut per a Seguretat i Salut Laboral.
Però la renovació del museu encara no s’ha acabat: va romandre oberta durant la reconstrucció
ara l’ala Philips es convertirà en un modern espai d’exposicions temporals. Els autors del projecte són també Cruz y Ortiz.
