El projecte es va iniciar el 2001: el 1999 es va transferir el control sobre el canal de Panamà des dels Estats Units a les autoritats panamenques i, al mateix temps, es va plantejar la pregunta sobre el nou ús dels territoris adjacents. Una de les seccions, que anteriorment ocupava la base aèria nord-americana, es va assignar a un museu. La construcció es va iniciar el 2006, però només a principis d’aquest mes d’octubre Biomuseo va obrir al públic, encara que encara no del tot: diverses sales i un aquari no estaran preparats fins a l’hivern del 2016.
Amb el seu colorit sostre d’alumini, el museu hauria de recordar la naturalesa vibrant de Panamà, els sostres metàl·lics de les cabanes locals i les estructures històriques de la infraestructura del canal. Situat en una estreta península que sobresurt cap a la badia, l’edifici és visible des de lluny i pot oferir als seus visitants vistes panoràmiques de la ciutat i la “desembocadura” del Pacífic del Canal de Panamà.
La durada de la construcció del museu, sobrenomenat pels locals "el museu que mai no es completarà", s'explica, entre altres coses, per la baixa qualificació dels constructors locals. El formigó rugós dels terres i parets va haver de tornar-se a abocar moltes vegades, i el sostre amb toleràncies de 6 mm també presentava moltes dificultats.
Tanmateix, ara el museu no només es construeix amb èxit, sinó que està gairebé completament ple de l'exposició "El pont de la vida", dissenyada per Bruce Mau. La Smithsonian Institution de Washington va ser la responsable del vessant científic del projecte i Biomuseo es va convertir en el seu únic museu soci fora dels Estats Units.
El museu està dedicat a la sorprenent diversitat natural de l’istme de Panamà: amb una superfície de 75.000 km2, acull més espècies d’aus, mamífers, rèptils i plantes que als Estats Units i Canadà junts. A més, l’exposició explica amb detall el procés de formació de l’istme, que va començar fa 12 milions d’anys i va acabar fa 3 milions d’anys. La seva aparença va canviar els ecosistemes i el clima a escala planetària: en lloc d’un oceà únic, va sorgir un Atlàntic i un Pacífic molt diferents, el corrent del Golf “va començar” des del mar Carib emergent i Amèrica del Nord i del Sud es va unir per primera vegada en 70 milions anys. Una migració activa d’animals va començar al llarg de l’istme i, fa relativament poc, fa 15.000 anys, les primeres persones van passar aquesta ruta de nord a sud.
Biomuseo, que costa 95 milions de dòlars (sense comptar els costos de les sales d’exposicions encara no acabades), està dissenyat principalment per a escolars (està previst portar-hi 40.000 estudiants a l’any per fer excursions gratuïtes) i per a turistes, ja que la terminal de creuers és molt a prop. L'ideal seria que les autoritats esperessin l '"efecte Bilbao" del museu. Segons el seu pla, hauria de convertir-se en el mateix símbol de la ciutat de Panamà i del país de Panamà, que es va convertir a l'tspera d'Utson per a Sydney i Austràlia.
